Nuo 1889 iki 1944 m., taigi, 55 metus Šilutes dvaras priklause Šojų (Scheu) šeimai. Neretai ši valda pagal paskutinius savininkus vadinama Šojaus dvaru. Pastarajai šeimai valdant, Šilutes dvaras tapo garsus ir žinomas Klaipedos krašte bei Rytų Prūsijoje. Daug prie to prisidejo anuomet plačiai žinomas dr. Hugo Šojaus vardas, jo visuomenines, kulturines veiklos įvertinimas. Ne mažiau dvarą garsino pavyzdinis ūkio pastatų, dvarvietės sutvarkymas bei administravimas, kurio pradžia taip pat siejama su dr. H. Šojaus vardu. Tai buvo laimingas kelių šimtmečų senumo dvaro istorijos epilogas, prieš prasidedant sovietiniam dvaro nugyvenimo laikmečiui.
Šilutės (tada – Šilokarčemos) dvaras buvo įkurtas 1721 m. Prūsijoje vykdytų administracinių reformų metu. Tuomet didysis Klaipėdos valsčius buvo padalintas į mažesnius valsčius (Sendvario, Klemiškės, Priekulės, Rusnės ir Šilokarčemos), kuriems valdyti buvo įsteigti valstybiniai dvarai.
Nuo 1724 m. Šilutės valstybinį dvarą, tikintis, kad jis tokiu būdu duos daugiau pajamų, pradėta nuomoti. Nuomos konkursą laimėjęs asmuo, dar kitaip vadintas generaliniu nuomininku, tuo pačiu tapo ir valsčiaus valdytoju – amtmonu. Be dvaro ūkinės veiklos, amtmonas privalėjo vykdyti ir valsčiaus administratoriaus funkcijas: rinkti ir vesti mokesčių, duoklių bei kitų pajamų apskaitas, vykdyti jurisdikciją civilinėse pavaldinių ir laisvųjų valstiečių bylose ir kt.
Pirmąjį atmoną Jakobą Miulerį (Jacob Müller) 1724 m. iš pareigų išstūmė ir pirmuoju generaliniu Šilutės valstybinio dvaro nuomininku tapo Gotfrydas Šperberis (Gottfried Sperber), kurį 1730 m. pakeitė Fridrichas Verneris (Friedrich Werner). Pastarasis tuo pat metu nuomojo Priekulės valstybinį dvarą ir Šilutėje negyveno, todėl čia laikė vietininką Kristofą Bernardą Rabę (Christoph Bernhard Rabe). 1752 m. dvarą ir tarnybą perėmė Fridricho Vernerio anūkas Kristofas Fridrichas Radkė (Christoph Friedrich Radcke), o šį 1761–1785 m. pakeitė brolis Evaldas Radkė (Ewald Radcke). Pastaroji giminė Šilutės dvarą savo rankose išlaikė bemaž 150 metų, o jos valdymo metais dvaro žemės buvo išplėstos nuo keliasdešimties iki kelių šimtų hektarų: į Radkių giminės valdas pateko Urbiškiai (Armalėnai), Barzdūnai, Likertiškiai, Kleiniškiai, Šlažai ir kt.
Nuo 1785 m. dvarą valdė našlės Šarlotės Radkės (Charlotte Radcke (g. Potschke)) antrasis vyras Karlas Henrichas Bejeris (Carl Heinrich Beyer), kuris dvaro nuomą 1804 m. perdavė posūniui Frankui Vilhelmui Radkei (Franz Wilhelm Radcke). Pastarasis 1819 m. Šilutės valstybinį dvarą už beveik 37 tūkst. talerių įsigijo visiškon nuosavybėn. 1808–1818 m. Prūsijoje buvo vykdomas valstybės valdymo reorganizavimas, kuris palietė Rusnės ir Šilutės valsčius: jų vietoje buvo sudaryta viena Šilutės apskritis su centru Šilutėje. Apskričiai vadovauti buvo paskirtas valstybės pareigūnas – apskrities viršininkas (vok. Landrat), kuris pakeitė iki tol valsčių administravusį amtmoną. Valstybiniai dvarai tapo nebereikalingi, todėl juos buvo nuspręsta išparduoti. Į privačią nuosavybę perėjusį karališką arba valstybinį dvarą, kaip anuomet buvo įprasta, imta vadinti kilminguoju dvaru.
Naujasis Šilutes dvaro savininkas, vietoj 1757 m. septynmečio karo metais rusų sudegintų ir po to vėl atstatytų dvaro rūmų iš lauko akmenų (80 pėdų ilgio ir 40 pėdų pločio), dar tais pačiais 1818 m. pastatė naują dvaro sodybą. Pagal valdytus žemės plotus, Šilutės dvaras anuomet buvo vienas didžiausių regione (1460 ha). Didesnis buvo tik Tilžės apskričiai priklausęs Šilininkų dvaras (apie 2500 ha). Priekulės dvaras buvo apie 1200 ha, Klemiškės – 750 ha, Šernų – apie 700 ha, Gedminų – apie 460 ha, Lapynų ir Kiškėnų – po 400 ha, Macikų – apie 150 ha, Muižės – apie 140 ha, Lapynų – 100 ha, Broniškių – tik 30 ha dydžio.
1835 m. Šilutės dvarą perėmė F. W. Radkės sūnus Eduardas Richardas (Eduard Richard), kuris testamentu po savo mirties dvarą paliko žmonai Frederikei von Trentovius. Po jos mirties Šilutės dvarą paveldėjo tuomet dar nepilnametis jų sūnus Eduardas Radkė (Eduard Radke), kuris neturėjo patyrimo, noro ir sveikatos valdyti didžiulį ūkį. Neprižiūrimas dvaras paskendo skolose ir tapo visiškai nerentabilus. E. Radkei nusprendus parduoti dvarą, jį 1889 m. už beveik 540 tūkst. markių įsigijo Lėbartų dvarininkas H. Šojus.
Naujasis Šilutės dvaro savininkas iškart ėmėsi reorganizuoti ūkį. Dvaro reikmėms pasilikęs apie 750 ha, likusias žemes jis suskirstė į sklypus, juos pardavė ir išnuomojo. Tokiu būdu buvo sumažintos ūkio išlaidos ir gautos pajamos, kurias galėjo panaudoti skoloms grąžinti, ūkiniams pastatams sutvarkyti. Po 1896 m. gaisro, kuris sunaikino beveik visus dvaro ūkinius pastatus, senųjų vietoje buvo pastatyti nauji pastatai, o dvaro kiemas, apsisaugant nuo upės potvynių, paaukštintas apie metrą ir išgrįstas akmeniniu grindiniu. 1906–1907 m. H. Šojaus iniciatyva buvo pertvarkyti ir dvaro rūmai: pristatytas rizalitas, medinė veranda bei priestato antras aukštas. Prie dvaro buvo įrengtas parkas, iškasti 3 tvenkiniai, o palei miškuotą Šyšos upę ir prie jos prisišliejusiame miškelyje, vadinamajame Varnamiškyje, sukurta promenada. H. Šojaus dėka dvaras įgijo patrauklaus ir reprezentatyvaus ūkio įvaizdį. Šiame dvare ne kartą lankėsi Vokietijos kronprincas, Lietuvos prezidentai, kiti kultūros ir politikos elito atstovai. Dvaro trauką stiprino ir rūmuose dvarininko H. Šojaus įkurtas privatus muziejus.
Sėkminga dvaro raida buvo naudinga ir visam Šilutes miestui. Stipri dvaro ūkinė padėtis leido dvarininkui H. Šojui dovanoti žemės sklypus miesto bendruomeninių pastatų statyboms. Svarbi Šilutės miesto dalis – apskrities ligoninė, turgaus aikštė, gimnazija, pradinė mokykla, paštas, gaisrinė, uostas, evangelikų liuteronų bažnyčia ir kt. – yra pastatyta ant buvusių dvaro žemių. Ne be pagrindo H. Šojus vadinamas Šilutės miesto mecenatu.
Po dvarininko mirties 1937 m. dvarą paveldėjo anūkas Verneris Šojus (Werner Scheu), kuris 1944 m. rudenį, artėjant karo frontui, palikęs dvarą, su šeima pasitraukė į Vokietiją. 1945 m. dvaras, smarkiai nukentėjęs nuo jame kurį laiką stovėjusių Raudonosios armijos dalinių, buvo nacionalizuotas ir paverstas Šilutės rajono vykdomojo komiteto pagalbiniu ūkiu. 1948 m. pagalbinį ūkį perėmė Tarybinių ūkių ministerija ir jį paskyrė Kretingos žemės ūkio mokyklai, kuri čia atidarė daržininkystės skyrių. 1950–1952 m. vietoje daržininkystes skyriaus veikė ūkvedžių kursai, o 1953–1959 m. – dvimetė Žemės ūkio mokykla, kuri rengė tarybinių ūkių direktorius, ūkvedžius ir zootechnikus. Ilgiausiai buvusiame Šilutės dvare 1959–1985 m. buvo įsikūręs Žemės ūkio technikumas.
Dvaro pastatai buvo perstatyti ir pritaikyti mokyklos poreikiams: dvaro rūmuose ir priestate įrengtos klasės ir kabinetai, svirne – berniukų, o buvusioje kiaulidėje – mergaičių bendrabučiai. Arklidės buvo paverstos sporto ir aktų sale, karvidėje įrengti kabinetai, garažas ir nedidelė salė, o tarnų name – biblioteka ir pan.
Dr. Hugo Šojaus dvaro restauracija pradėta 1990 m. Centriniuose rūmuose ir dalyje buvusių dvaro ūkinių pastatų įrengtas muziejus ir restauravimo centras, tad Šilutes muziejuje saugotos dvarininko dr. H. Šojaus muziejinės vertybės daugiau nei po pusšimčio metų vėl grąžintos į dvarą.